染色質免疫共沉澱CHIP實驗的(de)原理(lǐ)是在活細胞狀态下(xià)固定蛋白質－DNA複合物(wù)，并将其随機切斷爲一定長(cháng)度範圍内的(de)染色質小 片段，然後通(tōng)過免疫學方法沉澱此複合體，特異性地富集目的(de)蛋白結合的(de)DNA的(de)片段，通(tōng)過對(duì)目的(de)片斷的(de)純化(huà)與檢測，從而獲得(de)蛋 白質與DNA相互作用(yòng)的(de)信息。

      實驗原理(lǐ)：
      在保持組蛋白和(hé)DNA聯合的(de)同時(shí)，染色質被切成很小的(de)片斷，通(tōng)過運用(yòng)對(duì)應于一個(gè)特定組蛋白标記的(de)生物(wù)抗體，将目标片段（組蛋白發生特異标記的(de)片段）沉澱下(xià)來(lái)。ChIP是利用(yòng)抗原和(hé)抗體的(de)特異性結合以及細菌蛋白質的(de)“protein A”特異性地結合到免疫球蛋白的(de)Fc片段的(de)現象合用(yòng)開發出來(lái)的(de)方法（免疫磁珠結合proteinA，proteinA結合抗體Fc段，抗體結合抗原即發生特異标記的(de)組蛋白，這(zhè)裏要注意組蛋白是和(hé)DNA結合的(de)，這(zhè)樣就把目标組蛋白和(hé)DNA的(de)複合體沉澱下(xià)來(lái)了(le)）。再将組蛋白與DNA分(fēn)離，用(yòng)獲得(de)的(de)DNA去做(zuò)PCR分(fēn)析和(hé)序列測定等檢測技術，從而進一步檢測哪些基因的(de)組蛋白發生了(le)修飾。