轉錄組測序能夠有效地分(fēn)析全局基因表達水(shuǐ)平并深度分(fēn)析轉錄組。相較于傳統方法，轉錄組測序可(kě)精确檢測低豐度基因，發現新型轉錄本和(hé)異構體，以及組裝之前未被研究過的(de)轉錄組。

      轉錄組測序的(de)研究對(duì)象爲特定細胞在某一功能狀态下(xià)所能轉錄出來(lái)的(de)所有RNA的(de)總和(hé)，主要包括 mRNA和(hé)非編碼RNA 。轉錄組研究是基因功能及結構研究的(de)基礎和(hé)出發點，通(tōng)過新一代高(gāo)通(tōng)量測序，能夠全面快(kuài)速地獲得(de)某一物(wù)種特定組織或器官在某一狀态下(xià)的(de)幾乎所有轉錄本序列信息，已廣泛應用(yòng)于基礎研究、臨床診斷和(hé)藥物(wù)研發等領域。轉錄組是特定組織或細胞在某一發育階段或功能狀态下(xià)轉錄出來(lái)的(de)所有RNA的(de)總和(hé)，主要包括mRNA和(hé)非編碼RNA(non-coding RNA，ncRNA)。轉錄組研究能夠從整體水(shuǐ)平研究基因功能以及基因結構，揭示特定的(de)生物(wù)學過程，已廣應用(yòng)于植物(wù)候選基因發掘、功能鑒定及遺傳改良等領域。随著(zhe)新一代測序平台的(de)市場(chǎng)化(huà)，RNA測序(RNA sequenclng，RNA-Seq)技術已成爲了(le)轉錄組學研究的(de)重要手段之一。該技術利用(yòng)新一代高(gāo)通(tōng)量測序平台對(duì)基因組cDNA測序，通(tōng)過統計相關Reads（用(yòng)于測序的(de)cDNA小片段）數計算(suàn)出不同mRNA的(de)表達量，分(fēn)析轉錄本的(de)結構和(hé)表達水(shuǐ)平，同時(shí)發現未知轉錄本和(hé)稀有轉錄本，精确地識别可(kě)變剪切位點以及編碼序列單核苷酸多(duō)态性，提供最全面的(de)轉錄組信息。轉錄組測序技術流程主要包括樣品制備、文庫構建、DNA成簇擴增、高(gāo)通(tōng)量測序和(hé)數據分(fēn)析，相對(duì)于傳統的(de)芯片雜(zá)交平台，RNA-Seq技術具有諸多(duō)獨特優勢，轉錄組測序無需預先針對(duì)已知序列設計探針，即可(kě)對(duì)任意物(wù)種的(de)整體轉錄活動進行檢測，提供更精确的(de)數字化(huà)信号、更高(gāo)的(de)檢測通(tōng)量以及更廣泛的(de)檢測範圍，是目前深入研究轉錄組的(de)強大(dà)工具